La préparation du levain mère ou du "starter" prend jusqu'à deux semaine. Elle consiste à mélanger de l'eau et de la farine en petite quantité pour obtenir une petite balle de la grandeur d'une balle de tennis très souple et non travaillée. Il faut ensuite ensevelir cette balle dans de la farine dans un endroit chaud de la maison. De cette balle, on retire de jour en jour la croûte et on lui ajoute juste assez d'eau et de farine pour lui redonner la dimension initiale. Cette opération doit être répétée pendant 7 à 10 jours, jusqu'à ce qu'on s'aperçoive d'un début de fermentation. La balle doit commencer à prendre de l'expansion.

À ce moment, on ajoute quotidiennement plus d'eau que de farine jusqu'à ce qu'on obtienne un mélange à consistance de boue (part légèrement plus élevée d'eau que de farine). On sait que e levain est prêt lorsqu'il dégage une petite odeur de souffre. La préparation du pain peut alors commencer.

Si on ne s'en sert pas, i1 est important de ne pas oublier de nourrir son levain (ajouter de l'eau et de la farine) deux à trois fois par semaine. Lors de la confection de pains, il faut se rappeler de remplacer la part utilisée. Dans les deux cas, on laisse fermenter le levain mère pendant huit heures à la température de la pièce, puis on le met au réfrigérateur jusqu'à la prochaine fois.

Tout d'abord, on mélange l'eau nécessaire à notre recette, une partie de la farine (environ la moitié) et on ensemence cette pâte avec notre levain mère.  On recouvre cette préparation et on la laisse fermenter au moins 6 heures.  Au moment où on s'aperçoit que l'activité de fermentation est bien entreprise, on peut commencer à y ajouter le sel et le reste de la farine, puis commencer à la pétrir.

Le travail de la pâte de levain est le même que celui fait avec la pâte à la levure.  Une fois la pâte bien travaillée, on doit à nouveau la laisser reposer et fermenter durant au moins une heure.  On recommence à travailler cette pâte au moment où elle commence à prendre du volume et qu'elle devient plus souple.  Il s'agît à ce moment de la pétrir vigoureusement une dernière fois et la façonner pour lui donner la forme désirée.  La dernière levée peut prendre entre deux et quatre heures selon les conditions ambiantes et une innombrable quantité de facteurs impondérables.  Dans le métier, on dit souvent que c'est la matière qui décide.

On attribue souvent aux fermentations sans levure (ou au levain) des vertus sur digestion. Elles sont véridiques quant à la sécrétion de salive provoquée par le goût légèrement acidulé du pain ainsi produit. Toutefois, les arguments voulant que les effets déminéralisants des céréales complètes soient annihilés par la fermentation au levain doivent être expliqués avec nuances.

Les céréales ainsi que les légumineuses contiennent de l'acide phytique situé dans l'ensemble grain mais principalement dans leur enveloppe. Cet acide empêche l'assimilation des minéraux dans notre organisme. Mais la nature bienveillante a pourvu les grains d'un enzyme, la phytase qui dans un milieu humide agit chimiquement sur l'acide phytique pour la neutraliser.

Dans le cas des céréales et des légumineuses cuites, le trempage devient donc important pour en améliorer les valeurs nutritives. Dans le cas du pain, le temps de fermentation prend ici toute son importance. 

La fermentation au levain ne pouvant qu'être lente, elle est garante de la qualité nutritive du pain. Le boulanger consciencieux laissera à ses pâtes, mêmes ensemencées de levure, temps qu'il lui faut pour laisser la nature agir. Il existe plusieurs façons de ne pas précipiter une fermentation.  Le boulanger aguerri saura contrôler la température de fermentation pour ne pas trop l'accéléré. 

Un autre conseil facile est d'ajouter le sel à l'eau dès le début de l'assemblage des ingédients. Nombreuses écoles et nombreux livres prescrivent de l'ajouter vers la fin. Le sel est un anti-ferment et son action est justement de ralentir.  On voit ici que les livres et les cours sont souvent conçus sans préoccupations pour notre santé.

L'appréhension des spécialistes quant aux pains à la levure est malheureusement justifiée quand on pense à l'insouciance de l'industrie.

Mais certaines recherches nous indiquent que les intestins d'une personne habituée aux céréales complètes se munissent eux-mêmes des enzymes nécessaires à une bonne absorption des minéraux. 

Les ouvrages se contredisent souvent sur ce sujet, mais la rigueur de l'artisan saura lui faire prendre ses précautions.